中央银行存款与商业银行存款的区别如下：

1.中央银行存款业务是管理职能，不以营利为目的。而商业银行存款业务是以赢利为目的，属于核心业务。

2.中央银行吸收存款是出于金融宏观调控和监督管理的需要存款动机具有非营利性，中央银行的存款业务具有一定的强制性。而中央银行只针对金融机构、政府、外国和特定机构吸收存款，且中央银行与存款当事人之间除经济关系外还有管理与被管理的关系。