银行卡被恶意扣款以后，持卡人可以按照以下方法追回被恶意扣款的钱：

1、致电发卡银行的客服人员，向客服人员表示自己的银行卡被恶意扣款了；

2、若客服人员说可以帮忙追回，那么只需要等待银行处理即可；

3、若客服人员说不能帮忙追回，那么可以调出被恶意扣款的款项，然后把其打印出来去警察局报警；

4、警察局立案追查以后，一般就可以把钱追回来了。

而在此需要注意的是，因为银行卡是被恶意扣款了，所以可能还存在被恶意扣款的风险，因此，在向银行的客服人员表示自己的银行卡被恶意扣款以后，尽量还要办理一下挂失，等结果出来以后，再进行解挂会比较安全。

最后提醒一下大家，在使用银行卡的过程中一定要保护好自己的银行卡密码，否则一旦被恶意扣款能够追回来是比较好的结果了，如果没有被追回来就只能自己承担损失了。