公积金贷款还款从还款卡里扣钱还是从从公积金卡里扣钱，要看贷款人和银行签订的贷款合同是如何规定的了，具体分析如下：

1、扣公积金卡里的钱：这是因为用户约定的还款方式为按月冲款，这样的话公积金管理中心会每个月将公积金账户里的余额转到还款卡，然后完成还款。

2、扣还款卡里的钱：有的贷款人虽然交了公积金，但是公积金月缴额太低，不足以抵扣每月还款金额，可能就会选择往还款卡里扣钱，自己每个月往还款卡里存钱让银行扣款。