ETF与股票是两类完全不同的投资工具，与单一股票之间主要有以下区别：
ETF作为一篮子证券组合，其风险能在一定程度得到分散。投资者与其耗费大量精力、财力选择个股，倒不如投资ETF，实施指数化投资策略。
ETF投资成本更为低廉。ETF交易免缴千分之一的印花税，若交易费率按万分之五来算，则ETF买卖一来回的费用约为千分之一，比买卖一来回股票的交易费用（约为千分之二）节约50%。
ETF投资效率更具优势。大部分类型的ETF可以直接或间接实现“T+0”交易，如债券、黄金、货币、跨境类ETF等；此外单市场(仅沪市或深市)ETF、跨市场（跨沪深两市）ETF则可通过申购卖出和买入赎回间接实现“T+0”交易。
ETF增加了一级市场申购赎回的投资方式。股票上市后只能通过二级市场进行买卖，但ETF还增加了在一级市场的申购赎回这种投资方式。ETF的一、二级市场套利机制，使其价格通常会紧密围绕基金份额实时净值波动，不会出现大的偏离。
相比股票而言，ETF投资范围更广泛。ETF根据投资标的属性不同而差异显著，除了股票ETF，还有债券ETF、黄金ETF等，此外还可通过跨境ETF投资中国香港以及美国、欧洲等成熟市场。