南京公积金断缴会不会影响还款主要是根据用户的还款方式而定的，具体如下：

1、如果相关用户是使用公积金还款，那么是会还款的，因为公积金在断缴期间，是不允许相关用户提取公积金账户余额的，自然也就无法使用公积金贷款。

2、如果用户一直使用的是自己的自有资金还贷，那么是不影响正常还款的，用户只需要按时往还款账户存入足够的资金还贷即可。