建设银行借记卡和车主卡在申卡条件、功能、权益等方面存在一定的区别，具体如下：

1、申卡条件：借记卡只需要身份证即可，而车主卡办卡时需提供本人身份证和行驶证。

2、功能：借记卡只具备基础金融功能，而车主卡可用于自助查询、裁决、缴纳交通违法罚款。

3、权益：借记卡不可以享受交通违法、驾驶证扣分、车审提醒等权益，而车主卡是可以的。