农行工本费只会在用户申请办卡时进行扣费，并且只扣一次，不存在多久扣一次的问题。按照银行的规定，农行工本费为五元人民币，工本费是用于业务办理时的单据、卡等所需要的物品的一次性费用，并不属于银行的利润所在。