花呗默认开通自动还款功能，而系统在还款日当天从用户的支付宝账户余额、绑定的银行卡快捷、余额宝里（此为默认扣款顺序，客户也可自行设置扣款顺序，比如讲绑定银行卡快捷放在最前面）进行批扣时，一般都是默认将账单还款总额对应的资金给全部扣除的，并不是只扣账单最低还款额。
当然，客户可以去申请开启花呗自动最低还款，等开启之后，系统在还款日当天进行批扣时，就会自动计算当月应还的最低还款额来进行扣除。而该期账单剩余未还款额就会计入下期账单的最低还款额当中，等下期账单的还款日再由系统自动批扣相应金额进行还款。
而花呗账单的最低还款额一般包括10%交易本金、100%未结清分期交易单期款项，以及100%费用（含手续费）、100%逾期历史账单剩余未还款额和100%利息（含罚息）。